Kostel sv. Jana Křtitele představuje jednu z nejstarších dochovaných kamenných staveb na Českomoravské vrchovině. Původní románský kostelík vznikl již na konci 12. století jako duchovní centrum tehdejší trhové vsi, ještě před založením královského horního města Jihlavy. V polovině 13. století prošel raně gotickou přestavbou a do dnešní podoby byl upraven v závěru 18. století v barokním slohu.
Komentované prohlídky kostela je možné uskutečnit po předchozí domluvě s průvodcem.
Nejstarší historie se začíná psát již ve 12. století. Krajina kolem dnešní Jihlavy byla hlubokým pohraničním hvozdem, kterým protékala řeka Jihlava, tvořící přirozenou hranici mezi Čechami a Moravou.
Právě na moravské straně této řeky začala postupně vznikat původní slovanská osada. Jednalo se o jednu z etapových osad takzvané Haberské stezky, která jako důležitá obchodní stezka postupně nabývá na významu. Osada žila poklidným řemeslným a kupeckým způsobem života až do poloviny 13. století. Tehdy bylo v okolí objeveno bohaté ložisko stříbrných rud. Proto český král Václav I. založil nové, velké a hradbami obehnané královské horní město Jihlava. Osada v té době postupně ztrácí svůj význam a stává se pomyslným předměstím, ale její srdce – tento kostel – zůstalo stát jako němý svědek nejstarších časů až dodnes.
Stavba kostela je poprvé doložena již roku 1243. Nedávné průzkumy však poukazují na skutečnost, že byl postaven již o několik desetiletí dříve. Právě roku 1984 byly pod stávající podlahou objeveny nejstarší základy kostela, jehož vznik spadá do doby poslední dekády 12. století. Původně se jednalo o románskou stavbu s půlkruhovou apsidou.
Podoba dnešního presbytáře vznikla patrně v 2. polovině 13. století, kdy zde proběhla zásadní přestavba kostela v gotickém slohu. Výraznými prvky jsou především malá gotická okénka, tři kamenné pilíře v obvodu presbytáře a pozdně gotický portál z jižní strany.
Roku 1458 byl kostel poničen vojsky Jiřího z Poděbrad. Při následných opravách vzniklo nové kněžiště se síťovou klenbou a sedlovým portálem nad vstupem do dřevěné sakristie. V renesanci na počátku 17. století byly zvýšeny zdi lodi, objevily se nové vchody s renesančními portály, hudební kruchta a kamenná sakristie.
Po třicetileté válce, jež s sebou přinesla švédskou okupaci a pro kostelík mnohem větší zkázu, byla provedena barokní rekonstrukce. Výsledkem oprav byla kromě nového vybavení interiéru i výstavba venkovní kazatelny, nových oken v hlavní lodi a malé vížky nad presbytářem.
Nástup barokní epochy znamenal pro interiér kostela svatého Jana Křtitele hlubokou estetickou i duchovní proměnu, která původně strohé gotické prostory zahalila do nového, dynamického rázu. Hlavním cílem tehdejších úprav bylo vtisknout starobylému kostelu monumentálnost a naplnit ho bohatou zdobností, jak bylo pro 17. a 18. století typické.
Nejzásadnějším prvkem proměny se staly bohaté malby a osazení nových oltářů. Ústředním motivem hlavního oltáře byl obraz zachycující Kristův křest Janem Křtitelem v řece Jordánu. Pod obrazem byl umístěn samotný svatostánek. Z doby barokní pak pochází také dominantní zdobená kazatelna se sochou sv. Jana Křtitele.
Přímo nad triumfálním obloukem, který odděluje loď od kněžiště, vznikla v roce 1657 cenná freska zobrazující výjevy ze života patrona chrámu, svatého Jana Křtitele. Latinský nápis je doplněn chronogramem, jehož odlišné římské číslice dodnes prozrazují rok výmalby.
Kostel je tradičním srdcem slavných havířských průvodů. První z nich se konal 24. června 1799. Tehdy šlo o oslavu domnělého tisícího výročí založení města. Vycházelo se z kroniky Václava Hájka z Libočan, který tvrdil, že Jihlavu roku 799 založil sám Karel Veliký a správou pověřil svého panoše Jana. Ačkoliv tehdejší historici věděli, že se o skutečnost nejedná, jihlavský historik Johann Heinrich Marzy myšlenku průvodu oživil a proměnil ji v tradici. Na něj navázal koncem 19. století Johann Haupt, který havířským průvodům vtiskl současnou podobu.
V době na konci 19. století proto do interiéru přibyly sošky jihlavských havířů a hlavníoltář byl doplněn ikonickým obrazem spícího horníka, symbolizujícím zašlou slávu středověkého dolování stříbra, kterým byla Jihlava v minulosti proslulá. Na obraze je vepsán německý nápis „Es war und ist nicht mehr“ („Bylo a už není“).
Hudebním klenotem kostela jsou historické varhany postavené kolem roku 1800. Tento vzácný nástroj pochází z dílny kutnohorského mistra Františka Pavla Horáka, který patřil k nejuznávanějším představitelům českého barokního varhanářství. Skříň nástroje imituje svým nátěrem mramorový povrch a píšťaly jsou ve skříni rozděleny do tří věží. Pro Horákovu pozdní tvorbu je typická lomená římsa na krajních věžích, přičemž prostřední věž musela být kvůli nízkému stropu u vrchu seříznuta. Vzhledem k tomuto zásahu a netypickému uspořádání, kdy pedálový stroj stojí samostatně za zády hudebníka, je zřejmé, že varhany byly na zdejší kůr přeneseny z jiného kostela.
Dvacáté století se do dějin kostela zapsalo jako jedno z nejsložitějších období, kdy v éře společenských změn a celkového nedostatku zabezpečení se kostel často stával terčem opakovaných vloupání. Vandalové a zloději tehdy připravili interiér o jeho cenné umělecké vybavení, historické sochy i liturgické předměty. Ve snaze zachránit zbývající fragmenty před definitivním zničením došlo k jejich přestěhování do náhradních prostor a depozitářů.
V posledních letech dochází k obnově a restaurování původního vybavení. Prvním milníkem obnovy se stalo kompletní restaurování historických varhan. Obnoven byl píšťalový fond a zrestaurován varhanní měch. Dále byla na historickou kazatelnu umístěna nově pořízená socha patrona kostela, svatého Jana Křtitele, jako kopie původní ukradené sochy. Navrácen byl rovněž obraz spícího horníka, jehož umístění na oltáři poukazuje na důležitý význam kostela pro město Jihlavu.
Oživení kostela se však neomezuje pouze na jeho interiér. Do štíhlé sanktusníkové vížky byly roku 2025 pořízeny dva nové zvony. Zaplnily tak prázdná místa po svých předchůdcích, zrekvírovaných za obou světových válek. Nové zvony svým hlasem po dlouhé době znovu propojují starobylý Jánský kopeček s okolím a jsou znamením, že tento kostel opět žije a vypráví svůj staletý příběh.